鈴木財團的顧問‧鈴木次郎吉,終于完成了世界最大的飛行船"BELL TREE I世號".這其實是他為了緝捕自認是競爭對手的怪盜基德,所安排的一場大規模計劃.他對怪盜基德下的戰帖是"七天後,BELL TREE I世號"將從東京出發到大阪,有本事就來把"天空的貴婦人"這顆大寶石給偷走吧". 對于次郎吉的這項挑戰,基德也大膽地回複"等抵達大阪上空後就會偷走",這場以天空為舞台的對決也受到了世人的矚目.同時次郎也招待了名偵探毛利小五郎,毛利蘭,柯南等少年偵探團的成員們搭乘這艘船.柯南等人究竟能否戰勝強大的怪盜基德並將他繩之以法呢? 正當柯南與基德在這個廣闊天空作為舞台的頭腦戰場上一番較量時,神秘的武裝集團"紅暹羅貓"搶走了國立微生物研究所的恐怖細菌入侵船內,並挾持了飛行船.震撼全日本的這起劇場型劫機事件,讓關西地區一帶陷入恐慌!!船上的人們也接連受到細菌感染…
