就讀市立見瀧原中學二年級的少女鹿目圓是個出生于良好家庭,親朋好友,有哭有笑,誰都擁有的日常生活的女孩.有一天.一名神秘轉學生曉美焰的出現,讓小圓開始改變了自己的命運.
小圓和朋友在回家途中發現一只暗中喊求救人話的神秘生物,已經傷痕累累.追殺這個神秘生物的人,竟然是小圓認識的神秘轉校生曉美焰.之後遇上小圓的同校學生巴麻美後,神秘生物透露出自己的身份.自稱是"丘比"的神秘生物要少女們"和我訂下契約成為魔法少女吧".
但現實遠比小圓所想的越來越殘酷,魔法少女的真相一再沖擊著小圓想成為魔法少女的想法……
