由于長年累月過著人類的平凡生活,現在魔女的子孫們漸漸失去了魔法的力量.大多數魔女卻非常高興,因為在人間社會要是擁有"特異"的力量會招來什麼樣結果,大家都很清楚.但是好景不長,平和的日子終于被打破了……
被魔女們稱為聖地的地方籠罩著瘴氣,那其實是增加魔女們魔力的秘密媒介.生活在人間的魔女們,認為無用的力(魔法)只不過是一種絆腳石罷了,因此將它封印了起來.但是不知為何封印卻被解開,瘴氣向世界各地擴散著,有著魔女的遺傳子的孩子們的魔力一起覺醒了……
最高干部的魔女們,決定向各地的小學派遣特使.將世界各地的還未接觸過魔法的孩子們集中起來,傳授給他們在人間生存以及自衛的法術.持有魔女的遺傳子的孩子們,被稱為了次世代魔女,即魔法少女.
