故事講述冬樹與KERORO小隊一起去印加帝國的馬丘比丘足跡參觀,喜歡神秘事物的冬樹當然是大為高興,可是KERORO的腦袋里面裝滿了要侵略地球的事情.他們在那里因為迷路而發現了遺跡,後來因為突發狀況而不得不從那里逃出.但在那時,冬樹一瞬間看見了一位佇立在迷途中的少女.抱著對少女的不解之迷,冬樹與KERORO回到了東京.不過這時,最強的敵人出現在了他們面前.樣子和KERORO一模一樣,但與KERORO不同的是,他是要迅速且透徹地策劃侵略地球的黑暗KERORO.他帶領著部下SIBABA,DORURU,MIRURU一起在世界各國開始了侵略行動.而迎擊這一切的KERORO小隊的命運是?……
